La Naturopatia té com a objecte formal d'estudi la salut en la seva dimensió natural, que és un fenomen complex i per tant exigeix una metodologia d'estudi complexa i holística. Així doncs podem dir que la Naturopatia és una disciplina que té com a objectiu integrar totes les maneres d'estudiar la salut en la seva vessant natural. Avui dia, si volem distingir clarament entre el que és ciència i el que no ho és, hem d'establir uns criteris delimitatius els quals es duen a terme mitjançant la comunitat científica, i no a través d'un mandat extrahistòric. Al llarg de la història s'ha anat establint aquesta diferència per consens científic i, per això, s'ha creat aquest agent gestor i mediador de la ciència naturopàtica, la ciència necessita l'objectivitat, en un grau suficient, perquè els resultats de la investigació científica siguin independents de qui l'ha dut a terme.
La naturopatia es troba en una etapa de sistematització científica fructífera, en un procés d'elaboració sistemàtica, i dóna cohesió a un coneixement tradicional, sense oblidar els fonaments filosòfics que la sostenen, el coneixement científic de la naturopatia no és resultat de la improvisació sinó que es va construint amb l'aquiescència de la comunitat naturopàtica i és per aquest motiu que s'ha d'acabar amb l'intrusisme, marcar les pautes i planejar el criteri a seguir. L'intrusisme pseudocientífic en la naturopatia és tan freqüent com pertorbador.
L'autonomia de la Naturopatia com a ciència pot quedar justificada en la seva capacitat real per donar validesa científica a la seva tecnologia i praxiologia i aquest és el principal repte al qual ens enfrontem i al qual s’han d'enfrontar els teòrics, tecnòlegs, praxiòlegs i altres científics de la salut en la seva dimensió natural (naturòpates), que formen part del CNIN.
"La Naturopatia és la disciplina que sistematitza els coneixements científics, tecnològics i praxiològics sobre la salut en la seva dimensió natural. Proporciona una assistència essencial, basada en mètodes i tecnologies senzilles i naturals, científicament fundades, socialment acceptables i ecològicament sostenibles."
